Badan Penelitian dan Pengembangan Hak Asasi Manusia secara aktif menjalankan berbagai program yang terkait dengan HAM sejak penyatuan Kementerian Negara Urusan HAM dengan Departemen Kehakiman pada bulan Mei 2001. Badan Penelitian dan Pengembangan HAM telah melakukan berbagai upaya yang penting untuk lebih meningkatkan hubungan antara HAM, pemerintahan, demokrasi, desentralisasi, reformasi hukum, dan pembangunan. Selain itu mengarusutamakan nilai-nilai HAM ke dalam seluruh Kementerian yang terkait dan institusi-institusi yang menangani HAM, tetapi menjadi prioritas penting untuk masa kini dan masa depan. Pendekatannya bersifat lintas sektoral, antar dan multidisiplin yang meliputi bidang hak-hak sipil dan politik, hak-hak ekonomi, sosial dan budaya, sama seperti hak-hak untuk pembangunan.

Berdasarkan Peraturan Presiden R.I No. 91 Tahun 2006 tentang Perubahan kelima atas Peraturan Presiden No. 10 Tahun 2005 tentang Unit Organisasi dan Tugas Eselon I Kementerian Negara R.I. dan Peraturan Menteri Hukum dan HAM No. M.03.PR.07.10 Tahun 2005, yang sekarang diatur kembali sesuai dengan Peraturan Menteri Hukum dan HAM No. M.HH – 05.OT.01.01 Tahun 2010 tanggal 30 Desember 2010 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Hukum dan HAM RI. Badan Penelitian dan Pengembangan HAM mempunyai tugas melaksanakan penelitian dan pengembangan di bidang HAM.

Pada tahun 2015, berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 44 Tahun 2015 tentang Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia, dan Peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Nomor 29 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia, Badan Penelitian dan Pengembangan Hak Asasi Manusia berubah Nomenklatur baru menjadi Badan Penelitian dan Pengembangan Hukum dan Hak Asasi Manusia.

Dalam rangka memperkuat dan menyatukan upaya penelitian, pengembangan, serta inovasi di Indonesia, pemerintah memutuskan untuk membubarkan berbagai Badan Litbang yang berada di bawah kementerian-kementerian dan meleburkannya ke dalam Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN). Langkah ini merupakan bagian dari kebijakan untuk meningkatkan efisiensi dan efektivitas kegiatan riset nasional serta menghindari duplikasi usaha di berbagai lembaga.

Berdasarkan Peraturan Menteri Hukum Dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor 28 Tahun 2023 Tentang Organisasi Dan Tata Kerja Kementerian Hukum Dan Hak Asasi Manusia, Badan Penelitian dan Pengembangan Hukum dan Hak Asasi Manusia Berganti menjadi Badan Strategi Kebijakan Hukum dan Hak Asasi Manusia yang mempunyai tugas menyelenggarakan perumusan, penyusunan, dan pemberian rekomendasi strategi kebijakan di bidang Hukum dan Hak Asasi Manusia.